El caso EMAPA marca el fin de una era para Franklin Flores, exasambleísta, excandidato a la Gobernación de La Paz y exgerente de la Empresa de Apoyo a la Producción de Alimentos en EMAPA. En septiembre de 2025 se destaparon hechos de corrupción vinculados a la planta de transformación, centro de acopio y almacenamiento de papa en El Alto, inaugurada un año antes por el entonces presidente Luis Arce con una inversión de más de 162 millones de bolivianos, proyectada para generar empleo y seguridad alimentaria.
De acuerdo con la denuncia presentada por el Viceministerio de Transparencia y Lucha contra la Corrupción, Franklin Flores, como máxima autoridad ejecutiva, incumplió deberes al no reportar que la planta operó solo 36 días de producción de papa congelada y 50 días de puré de papa durante siete meses, pese a contar con 64 trabajadores, lo que habría causado un daño económico al Estado. Además, no consolidó a favor de EMAPA un terreno de 2,5 hectáreas cedido por la Alcaldía de El Alto, exponiendo a posibles reclamaciones legales.
El exgerente financiero Marvel Vargas y la exfiscal de obras Daniela Arancibia también están implicados en la investigación. Las autoridades detectaron operaciones bancarias sospechosas y aumentos patrimoniales desproporcionados durante el ejercicio de sus funciones, incluyendo depósitos de funcionarios de EMAPA, la ATT y el Fondo Nacional de Inversión Productiva y Social. Vargas, por ejemplo, adquirió cuatro vehículos en este periodo, lo que refuerza las sospechas de enriquecimiento ilícito.
A pesar de las irregularidades detectadas, la justicia decidió otorgar detención domiciliaria a los tres exfuncionarios, permitiéndoles defenderse en libertad mientras continúa la investigación. El caso EMAPA sigue siendo un tema de interés nacional por su magnitud y las posibles repercusiones en la gestión de recursos públicos y la transparencia en instituciones estatales.